在1986年6月8日当选为奥地利总统后，瓦尔德海姆面临了一系列指控和争议。他被指控在二战期间是纳粹德国军队的一员，参与将希腊犹太人送进死亡营。然而，瓦尔德海姆否认了这些指控，并指责世界犹太人协会操纵了反对他的宣传运动。他强调该协会并不代表全球犹太民族。
瓦尔德海姆的社会党竞选对手施泰勒博士则认为，反瓦尔德海姆运动实际上引发了反犹太情绪，适得其反。瓦尔德海姆的当选被视为对世界产生了分裂作用。
作为奥地利总统，瓦尔德海姆主要扮演象征性的角色，代表国家的统一理想。他的任期为6年。
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