在1918年5月4日，孙中山辞去了大元帅职务。当天，国会非常会议开会，汤漪提出了修正军政府组织法案，得到了40多人的赞成票，超过了4票通过。孙中山命令居正将辞职咨文送交国会，并通电辞职。他在通电中表示，虽然自己知道自己无法胜任这个重任，但是面对国家的困难，他作为一个匹夫，有责任不能袖手旁观，必须尽力拯救国家。他还指出，国家最大的问题是武人之间的争斗，南方和北方都不愿意接受法律和民意的约束。军政府虽然成立了，但是被举为大元帅的人大多不愿意就职，即使是对于非常会议，也没有明示尊重的意思。他认为，如果内部不能统一，又怎么能得到友邦的承认。他表示自己已经力竭声嘶，但是无法取得信任。他强调个人的去留并不重要，国家的存亡才是最重要的，他之所以忍辱负重至今，是因为责任无人，不得已而为之。他自称是一个匹夫，没有拳头和勇气，但是他愿意以一个有责任感的人的身份，尽自己的天职来扶助民国。他向国会非常会议辞去大元帅的职务。7日，留沪国会议员林森、田桐等27人发表通电，要求挽留孙中山，不允许他辞职，并要求延期改组军政府。但是留粤国会非常会议于18日通过了军政府组织法，将大元帅制改为政务总裁制，主席总裁由政务会议选出。20日，国会非常会议举行总裁选举会，孙中山及其他6人当选，陆、唐又推举岑春煊为主席总裁。虽然孙中山被选为政务总裁，但是他已经没有实际权力。21日，孙中山乘船离开广州，前往上海。
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