在1923年3月1日，孙中山重新成立了大元帅府。这是因为陈炯明被滇军逐出广州，孙中山于2月21日从上海返回广州。考虑到恢复非常大总统职位可能会受到北方的段祺瑞、张作霖和西南各省的都督的反对，孙中山决定改任大元帅职。于是，中华民国陆海军大元帅大本营于3月1日正式成立。
在大元帅府成立后，孙中山任命了一些重要职位。廖仲恺被任命为财政部长，谭延恺为内务部长，伍朝枢为外交部长，程潜为军政部长，邓泽如为建设部长，朱培德为拱卫军总司令，杨庶堪为大本营秘书长。大元帅府还对军队进行了重新部署，陆军分为东、西两路，海军舰艇归属中央直辖军。
在苏联政府代表鲍罗廷的帮助下，孙中山加快了国民革命军的改组步伐。
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