1998年6月20日，云居寺宣布将千年石经放入地穴，这些石经是由大唐三藏法师玄奘携回的佛教典籍的局部。这些石经在1957年从国家重点文物保护单位北京云居寺出土，但由于长期受大气严重污染和技术手段欠缺，严重风化。因此，为了更好地保存这批重点文物，1999年9月9日将其回归地穴珍藏。
这些石经最早主张把佛经刻在石头上的是北齐南岳天台宗高僧慧思，而第一个将此事付诸实施的是他的弟子静琬。这些石经历经1300多年的历史，共刻出佛经1122部3572卷、14278块石经，藏于云居寺附近石经山9个藏经洞和寺内压经塔下的地穴中。
专家认为，把这些石经重新放归原埋藏处的压经塔地穴封藏，是目前防止石经风化的最佳方案。另外，雷音洞内珍藏的佛舍利是隋大业十二年（公元616年）安置存入洞内的，于1981年发现的，仅存三粒半，被视为“国之重宝”。
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