1993年12月31日，两名大陆劫机犯在台被判刑10年。此前，台湾舆论反应强烈，认为劫机犯应全部遣返大陆，依照有关规定，对以胁迫或其他方法劫持航空器者，应依照有关规定、无期徒刑，而且不能缓刑。1993年12月8日劫机去台的劫机犯高军，在桃园监狱看守所关押期间，情绪一直不稳，于12月23日凌晨企图自杀未遂。
在此背景下，海峡两岸关系协会商谈小组在台北与台湾海峡交流基金会就落实汪辜会谈有关协议进行工作商谈，其中重点商谈了两岸劫机犯遣返问题。双方一致认为，以暴力、胁迫或其他手段劫持民航客机是严重的刑事犯罪，应予以严厉惩治，劫机犯原则上一律遣返。在此基础上，双方初步拟订了有关两岸劫机犯遣返协议体例的基本框架，具体文字表述还要磋商。
该协议适用于两岸人员以暴力、胁迫或其他方法劫持两岸一方民用航空器飞往另一方的犯罪；遣返原则上以马祖、马尾为海运交接地点，并得视实际需要商定以金门、厦门为交接地点。双方商谈人员均表示，两会应及早就遣返劫机犯问题继续商谈，就该协议若干条款的文字表述进一步协商，以便及早达成协议。
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