1946年5月18日，国共双方在南京达成了《南京协议》，协议内容包括修复黄河花园口大堤和解决堵口复堤问题。抗战胜利后，国民政府决定修复花园口大堤，引黄河回归故道，并特设黄河决口复堵工程局，由黄河水利委员会领导。然而花园口以下的黄河河床已断流8年，堤防遭到破坏，40万农民在此垦作，一旦黄水回归故道，将造成新的灾难。
谈判开始于3月下旬，双方就堵口和复堤问题进行了争执。中共方面主张先修复堤防，再进行堵口放水，以避免新的灾难。而国民政府方面则强调堵口的重要性。双方先后达成了《开封胁议》和《荷泽协议》，商定堵口和复堤同时进行，具体堵口日期视复堤情况而定。迁移居民的迁移费由行政院发放，豫鲁两省修防处由中共代表参加。
为了寻求堵口复堤问题的合理解决，解放区方面派代表赴宁，与国民政府代表于5月18日达成了《南京协议》。协议内容包括尽快开工下游复堤工程，材料和工粮款由国民政府迅速拨给，堵口工程以不给下游带来水害为前提。
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