孙运璇在任期间，致力于推动台湾的经济发展和科技创新。他积极推动了十大建设项目，包括建设水利、电力、交通、通讯等基础设施，为台湾的现代化建设做出了重要贡献。他还促进了新竹科学工业园区的成立，该园区成为台湾科技产业的重要基地，为台湾经济的快速发展提供了支撑。
然而，1984年孙运璇罹患脑溢血，导致身体状况急剧恶化，不得不辞去行政院长职务。尽管经过长时间的康复治疗，他的健康状况仍然不理想，需要使用轮椅代步。最终，他于2006年2月15日在台北荣民总医院去世，享年93岁。他被安葬在基隆七堵的欣欣墓园。
孙运璇是中华民国历史上重要的政治家和技术官僚，他的贡献被广泛认可。他在台湾的经济发展和科技创新方面的努力，为台湾的现代化进程奠定了基础，对台湾的发展产生了深远影响。他的逝世是台湾政治和科技界的一大损失。
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